SALAH satu ciri penting zaman pemerintahan keluarga Brooke di Sarawak adalah pembinaan kubu (fort). Sebelum terdirinya pemerintahan Brooke di Sarawak, penduduk di Sungai Sarawak telah mempunyai sebuah kubu. Kubu yang terletak di Belidah dikenali sebagai Kubu Belidah. Kubu yang dibina menggunakan kayu belian. Tujuan kubu ini dibina adalah untuk mempertahankan kedudukan penduduk Sarawak yang menentang pemerintahan Pangeran Mahkota di Sarawak ketika itu. Kubu ini dinyatakan oleh James Brooke sebagai sebuah kubu yang mempunyai pertahanan yang kuat. Namun demikian, kubu ini telah dimusnahkan selepas tamatnya pemberontakan tersebut.
Kubu Margherita
Semasa pemerintahan keluarga Brooke pula, terdapat beberapa lagi kubu pertahanan di bina. Di tepi Sungai Sarawak, iaitu di pusat Bandar Raya Kuching, terdapat sebuah kubu yang dibina oleh Raja Charles Brooke. Kubu ini dibina pada 1878, dan siap pada September 1879. Pembinaan kubu ini menelan belanja sebanyak $8,100.00. Kubu ini dinamakan Kubu Margherita, iaitu nama isteri Raja Charles Brooke. Tujuan pembinaan kubu ini adalah untuk mempertahankan Kuching, tetapi peliknya setelah sekian lama kerajaan Brooke berkuasa di Sarawak baru mereka memikirkan hendak membina Kubu Margaret tersebut di Kuching. Ada juga pandangan yang mengatakan Raja Charles Brooke mempunyai anggapan yang pelik yang mengaitkan dengan persepsi terdapat ancaman serangan daripada Rusia. Oleh sebab itu, beliau bercadang meletakkan periuk api di Sungai Sarawak. Hal yang sedemikian ini mungkin satu imiginasi Raja Charles Brooke yang tidak masuk akal.
Terdapat juga pendapat yang mengatakan bahawa pembinaan Kubu Margherita adalah bagi membolehkan bandar Kuching memiliki sebuah bangunan tersergam indah yang menjadi mercu tanda yang unik bagi Kuching. Memang ketika itu kubu tersebut menunjukkan keindahannya di bandar Kuching, dan hari ini, imejnya mula tenggelam kerana wujud bangunan moden baharu di tebingan Sungai Sarawak, iaitu Dewan Undangan Negeri Sarawak yang lebih besar dan indah.
Berbalik dengan pembinaan kubu berkenaan, memang faktor pertahanan dan keselamatan diambil kira. Hal ini jelas berlaku tehadap pembinaan kubu-kubu ini oleh kerajaan Brooke di beberapa batang sungai di Sarawak.
Apabila wilayah Sarawak meluas ke Batang Lupar, terutamanya di Sungai Skrang dan Saribas, beberapa kubu pertahanan telah dibina untuk tujuan tersebut. Kubu-kubu itu dibina sebagai pusat kawalan pergerakan penduduk Sarawak di sungai-sungai tersebut. Hal ini kerana pemerintahan Brooke mempunyai tanggapan yang negatif terhadap penduduk yang mendiami kawasan sungai tersebut yang dikaitkan dengan aktiviti pelanunan. Selain itu, terdapat juga tujuan untuk menghalang sebarang usaha berperang antara penduduk di hulu dan hilir sungai. Pengawasan juga dilakukan untuk membolehkan barangan keperluan dapat didagangkan atau dibawa ke kawasan hulu.
Kubu Lily
Selepas Perang Bating Maru pada tahun 1849, beberapa kubu dibina di Sungai Batang Lupar dan Sungai Saribas. Di hulu Sungai Skrang, iaitu di Nanga Skrang, dibina sebuah kubu pada tahun 1849 yang dikenali sebagai Kubu James, iaitu sempena nama Raja James Brooke. Pada tahun 1858, di Sungai Saribas pula dibina sebuah kubu di Betong yang dikenali sebagai Kubu Lily. Nama ini diambil daripada nama Kristian ketiga Rani Margaret. Kubu ini juga pernah diserang oleh pihak penentang Brooke, tetapi dapat digagalkan.
Selain itu, kubu-kubu ini dibina untuk mengawasi Rentap di Bukit Sadok. Rentap yang tidak menyokong pemerintahan Brooke telah membina kubunya sendiri di Bukit Sadok. Kubu Rentap ini juga amat kukuh dan sukar ditembusi oleh serangan tentera Brooke. Hanya serangan kali ketiga sahaja kubu ini berjaya dikuasai oleh tentera Brooke.
Kubu Emma & Kubu Alice
Di Sungai Rejang pula, pada tahun 1851, dibina sebuah kubu di Kanowit yang dinamakan sebagai Kubu Emma. Nama kubu ini diambil sempena nama ibu Raja Charles Brooke. Kubu ini dibina untuk melindungi penduduk di delta Sungai Rejang, dan Oya dan Mukah. Jikalau dilihat titik-titik kubu di Nanga Skrang, Betong dan Kanowit ini, jelas terdapat usaha-usaha menghalang dan mengawal pihak yang tidak mahu tunduk kepada pemerintahan Brooke. Halangan ini membawa kemarahan kepada penduduk di kawasan tersebut sehingga membawa kepada pembunuhan dua pegawai Brooke di Kubu Emma di Kanowit.
Selain Kubu Emma, terdapat sebuah lagi kubu dibina di Sungai Rejang yang terletak di Sibu. Kubu yang dibina pada tahun 1863 ini dinamakan Kubu Brooke. Kubu ini pernah diserang oleh Panglima Lintong pada tahun 1870 tetapi dapat digagalkan.
Pada tahun 1864, Kubu James dirobohkan dan bahan binaanya dipindahkan ke Simanggang untuk pembinaan kubu yang baharu. Kubu ini sekian lama tiada bernama sehingga tahun 1870. Pada tahun itu kubu ini dinamakan Kubu Alice, iaitu sempena nama Kristian kedua Rani Margaret.
Seterusnya, beberapa lagi kubu dibina untuk menandakan kekuasaan pemerintahan Brooke di Sarawak, seperti di Kabong. Pembinaan kubu ini dinamakan Kubu Charles, iaitu sempena nama Raja Charles Brooke. Kubu ini dibina pada tahun 1878. Pada tahun 1893, kubu ini hanyut ke laut semasa banjir. Kubu ini dibina semula tetapi lebih jauh ke tapak pedalaman untuk mengelak dimusnahkan oleh air laut.
Di Mukah, terdapatnya sebuah lagi kubu dibina dan dinamakan Kubu Burdett. Nama kubu ini diambil daripada penaja kewangan utama Raja James Brooke di London, iaitu Baroness Angela Burdett-Coutts. Jauh di hulu Sungai Rejang pula, dibina Kubu Vyner. Kubu yang dibina pada tahun 1883 ini didirikan di Belaga dan namanya sempena nama Raja Muda ketika itu, iaitu Vyner Brooke.
Manakala kubu yang dibina di Bintulu yang dinamakan Kubu Keppel. Henry Keppel ialah rakan lama Raja James Brooke yang membantu beliau menghapuskan musuh beliau di Sungai Batang Lupar dan Sungai Saribas.
Kubu Hose & Kubu Sylvia
Apabila pemerintahan Brooke sampai ke Baram, sebuah kubu dibina di Marudi yang dinamakan Kubu Hose. Nama kubu ini diambil sempena nama Residen kedua Baram, iaitu Charles Hose. Kubu ini menjadi pusat pentadbiran Brooke di Baram. Manakala di Trusan pula, didirikan Kubu Florence, iaitu sempena nama isteri pegawai Brooke, iaitu Maxwell.
Pada tahun 1878 telah dibina sebuah kubu di Baleh. Namun demikian, ia kemudian dipindahkan ke Kapit pada tahun 1880, dan dinamakan Kubu Sylvia. Di Saratok pula, terdapat Kubu Rani. Sebuah kubu juga di bina di Lubuk Antu yang dinamakan Kubu Arundell.
Selain kubu-kubu ini, terdapat beberapa lagi kubu dinamakan sempena nama tempat di Sarawak seperti Kubu Lingga, Kubu Sarikei dan Kubu Long Akah, Kubu Limbang serta Kubu Lio Matu. Kubu yang terakhir dibina ialah Kubu Brooke di Julau pada tahun 1935.
Kubu-kubu ini ada yang telah dirobohkan untuk memberi laluan kepada pembangunan, dan ada juga yang musnah akibat perang. Pada hari ini, masih terdapat beberapa buah lagi kubu peninggalan Brooke yang kebanyakannnya dijadikan sebagai muzium.